കൊച്ചി തുറമുഖത്തിനു വടക്കുകിഴക്കായി കിടക്കുന്ന വല്ലാര്പാടംപളളി വരാപ്പുഴ അതിരൂപത യുടെ ഭാഗമാണ്. 1951-ല് ഭാരതസര്ക്കാര് വല്ലാര്പാടം പളളി വലിയ തീര്ത്ഥാടനകേന്ദ്രമായി പ്രഖ്യാപനം നടത്തി. 2004 സെപ്റ്റംബറില് ദേശീയ തീര്ത്ഥാടനകേന്ദ്രമായി പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ടു. 1524-ല് പോര്ട്ടുഗീസുകാര് പരിശുദ്ധാത്മാവിന്റെ നാമത്തില് ദ്വീപിന്റെ തെക്കുകിഴക്കേ മൂലയില് ഒരു പളളി പണിതു. 17-ാം നൂറ്റാണ്ടില് വെളളപ്പൊക്കത്തില് ഈ പളളി ഒലിച്ചുപോയി. വല്ലാര്പാടം അന്ന് മറ്റു ഭൂവിഭാഗങ്ങളില് നിന്ന് വേര്തിരിഞ്ഞു. പോര്ട്ടുഗീസുകാര് ലിസ്ബണില് നിന്നും കൊണ്ടുവന്നതാണ് വല്ലാര്പാടത്തമ്മയുടെ തിരുസ്വരൂപം. കാരുണ്യമാതാവിന്റെ പേരില് മാതാവിന്റെ ഈ തിരുസ്വരൂപം അറിയപ്പെടുന്നു. വെളളപ്പൊക്കത്തില് ഒഴുകിപ്പോയ വര്ണ്ണചിത്രം കൊച്ചിരാജാവിന്റെ പ്രധാനമന്ത്രിയായിരുന്ന പാലിയത്ത് രാമന് വലിയച്ചനാണ് വീണ്ടെടുത്തു കൊടുത്തത്. ഇദ്ദേഹമാണ് ഇന്ന് പളളിയിരിക്കുന്ന സ്ഥലവും പളളിയിലെ കെടാവിളക്കുകളും നല്കിയത്. 1895-ലാണ് ഇന്നത്തെ പളളി വെഞ്ചെരിച്ചത്.
1752-ല് വല്ലാര്പാടത്തെ നായര്കുടുംബമായ പളളിവീട്ടില് മീനാക്ഷിയമ്മയും (മറിയം) മകനും കുഞ്ഞിനെ ചോറൂട്ടാന് മട്ടാഞ്ചേരിയിലെ ക്ഷേത്രത്തിലേയ്ക്കു പോകുംവഴി വഞ്ചി അപകടത്തില്പെട്ട് ആഴിയില് മുങ്ങിത്താണു. മൂന്നു ദിവസങ്ങള്ക്കുശേഷം വല്ലാര്പാടത്തമ്മയെ വിളിച്ചപേക്ഷിച്ചതുമൂലം മുക്കുവരുടെ വലയില് കിട്ടി സുരക്ഷിതമായി കരയ്ക്കെത്തി. ജീവിതകാലം മുഴുവന് അവരിരുവരും അടിമകളായി അവിടെ ഇരിക്കാമെന്ന് വാഗ്ദാനം ചെയ്തു. കാവു (മറിയം) കുട്ടി (യേശുദാസന്) ഇവരുടെ പിന്ഗാമികള് ഇന്നും ഇവിടുത്തെ ഭക്തരാണ്. അടിമ ഇരിക്കുന്നതും വഞ്ചിയും വലയും വെഞ്ചെരിക്കുന്നതും പ്രധാന നേര്ച്ചകളാണ്. 2005 ഫെബ്രുവരിയില് ഈ പളളിയെ മൈനര് ബസിലിക്കയായി ഉയര്ത്തി. ഈസ്റ്റര് കഴിഞ്ഞുളള 50-ാം ദിവസം ഇവിടുത്തെ തിരുനാള് ആഘോഷിക്കുന്നു. ഇന്ന് അനേകം തീര്ത്ഥാടകരെത്തുന്ന ഒരു പുണ്യസ്ഥലമാണ് വല്ലാര്പാടം.